Høyskolen har tre vedtaksorgan under høyskolestyret: Studienemnda, FoU-rådet og Læringsmiljøutvalget. Høyskolens tre fagområder (musikk, psykologi og teologi) ledes av  en studiekoordinator som har det faglige og administrative ansvaret for fagområdet.

Studienemnda er høyskolens utdanningspolitiske organ, og skal gi råd og strategiske innspill i strategiske saker som gjelder utdanning. Videre er studienemnda et kollegialt organ som skal ivareta helhetsperspektivet i høyskolens utdanningsvirksomhet.  I studienemnda sitter følgende stemmeberettigede medlemmer: høyskolens studiesjef, studiekoordinatorer for hver faggruppe, én representant fra hvert av høyskolens tre fagområder og to studentrepresentanter. I tillegg har følgende personer møterett: rektor, FoU-leder, kvalitetssekretær, bibliotekar og eksamensinspektør. Studienemnda møtes annen hver uke.

FoU-rådet er et koordinerende arbeidsutvalg for høyskolens FoU-virksomhet, og ivaretar helhetsperspektivet i høyskolens forskningsvirksomhet. Videre gir FoU-rådet strategiske innspill i saker som gjelder forskning og utvikling, samt behandle saker som delegeres fra høyskolestyret. FoU-rådet ledes av høyskolens forskningsleder, som er ansatt i 20 %. FoU-rådet har følgende sammensetning: én representant på minimum førstenivå fra hvert av høyskolens fagområder, forskningsleder og rektor. I tillegg har høyskolens bibliotekar møterett. FoU-rådet innkalles fire ganger i året. 

Læringsmiljøutvalget har det overordnede ansvaret for å sikre studentenes læringsmiljø, og har det operative ansvaret for området ”Fysisk læringsmiljø og universell tilrettelegging” i høyskolens kvalitetssikringssystem. Læringsmiljøet innbefatter alle faktorer som påvirker studentenes trivsel og studiesituasjon, unntatt det faglige studietilbudet. I læringsmiljøutvalget sitter like mange representanter fra studenter (tre representanter) og ansatte (tre representanter), og ved oppstarten av et nytt studieår velges ny leder vekselvis blant institusjonens og studentenes representanter. Læringsmiljøutvalget møtes en gang i måneden.

I tillegg til dette har Ansgarskolen et koordinerende utvalg: Ansgarskolens ledergruppe koordinerer den løpende virksomheten mellom de tre selskapene Ansgar Eiendom, Ansgar høyskole og Ansgar bibelskole, og ivaretar behovet for informasjonsstrøm mellom selskapene. I noen tilfeller vil også ledergruppen ha ansvaret for å følge opp og iverksette vedtak som er fattet i høyskolestyret eller de andre vedtaksorganene. Studiesjef og rektor representerer høyskolen i Ansgarskolens ledergruppe. Rektor leder ledergruppa og innkaller til møter annen hver uke.